水稻所發(fā)布植物RNA修飾數(shù)據(jù)庫平臺助力植物RNA修飾研究
水稻所生信育種團隊聯(lián)合中國林科院、四川大學在國際知名學術期刊Nucleic Acids Research (2023 IF=14.9，5 YEAR IMPACT FACTOR：16.4)在線發(fā)表研究論文“PRMD: an integrated database for plant RNA modifications”。水稻所為第一完成單位，水稻所劉琦研究員為第一通訊，四川大學曹毅教授和中國林科院丁昌俊副研究員為共同通訊，四川大學郎小強博士、余春燕博士與水稻所沈夢圓博士為論文共同第一作者。
近年來，模式植物系統(tǒng)中RNA修飾的范圍和功能已成為研究的熱點，然而，目前缺乏一個數(shù)據(jù)庫平臺能夠對植物RNA修飾及其相關調(diào)控數(shù)據(jù)進行全面挖掘、注釋和可視化。
項目團隊通過收集、整理和分析20種植物物種RNA大數(shù)據(jù)，開發(fā)了植物RNA修飾綜合數(shù)據(jù)庫(PRMD：http://bioinformatics.sc.cn/PRMD)，該數(shù)據(jù)庫不僅提供了一種直觀顯示信息的屆面，還提供了RMlevelDiff、RMplantVar、RNAmodNet和Blast等多種可視化和功能分析工具，并且通過mRNAbrowse、RNAlollipop、JBrowse和Integrative Genomics Viewer (IGV)等可視化屆面能清晰顯示相關的分析和統(tǒng)計結果。同時，項目團隊利用數(shù)據(jù)庫對水稻馴化中RNA的修飾作用進行了深入探討。PRMD對用戶完全免費開放，后續(xù)版本中將進一步添加和完善不同植物物種的不同種類RNA修飾數(shù)據(jù)。 
PRMD 數(shù)據(jù)庫流程圖
該研究得到了廣東省農(nóng)業(yè)科學院生物育種中心協(xié)同創(chuàng)新項目、國家自然科學基金以及林木遺傳育種國家重點研發(fā)項目等項目的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad851
