3000株水稻基因序列公開發(fā)表
近日，3000株水稻基因組測序文章在GigaScience正式發(fā)表，且整套水稻基因序列以可引用形式在該雜志的附屬開放獲取數(shù)據(jù)庫GigaDB中公開。
該項目產(chǎn)生的數(shù)據(jù)是目前已公開水稻序列數(shù)據(jù)量的四倍。該成果標(biāo)志著3000株水稻基因組項目第一階段的完成，主要由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院、國際水稻研究所以及華大基因合作開展。
由華大基因和生物醫(yī)學(xué)中心共同創(chuàng)辦的GigaScience是一個開放獲取且數(shù)據(jù)公開的大數(shù)據(jù)期刊?！?000株水稻基因組項目”所產(chǎn)出和公開的大量遺傳信息將最終被應(yīng)用到智能育種實踐中。不同植株間存在自然變異，而了解這些不同性狀發(fā)生的遺傳機(jī)制，將有助于成功培育出可高度適應(yīng)不同環(huán)境的雜交品種。
據(jù)悉，上述三家單位的合作不僅公開了13.4TB的數(shù)據(jù)資源，而且還收集了每株水稻的種子（存放于國際水稻研究所的水稻基因資源庫中）。儲存這些種子對充分利用這些遺傳信息已知的水稻品種來開發(fā)和驗證最適合不同環(huán)境的雜交株是十分必要的。然而，實現(xiàn)這一目標(biāo)的另一條件是這一信息可以使研究人員和育種專家直接將遺傳信息（基因型）和不同植株的性狀特征（表型）聯(lián)系起來。這需要仔細(xì)評估和管理每株水稻的重要農(nóng)業(yè)性狀特征，之后再在可用的基因組序列中與其相應(yīng)的遺傳標(biāo)記相關(guān)聯(lián)。
現(xiàn)代育種實踐延續(xù)至今，通常依據(jù)表觀性狀特征來指導(dǎo)候選植株雜交，并期望雜交后代能夠表現(xiàn)出結(jié)合和改良的預(yù)期性狀，如抗旱、抗病蟲、產(chǎn)量提高和營養(yǎng)價值增加。然而，當(dāng)兩個植株進(jìn)行雜交后，對應(yīng)的遺傳組成常常使育種學(xué)家的期望落空，因為未知的基因相互作用會限制、修飾或改變所選擇的性狀特征的形成。因此，常常需要試驗、發(fā)現(xiàn)錯誤和多個連續(xù)的育種階段。
全面了解一個植物的遺傳組成可以使研究人員鑒定與特定性狀特征相關(guān)聯(lián)的遺傳標(biāo)記，更好地了解不同的基因相互作用是如何影響植物的表型的，從而實現(xiàn)更加準(zhǔn)確、快速的水稻品種培育。
這個過程需要投入大量的精力與人力。因此，這些向全球植物育種學(xué)家和科學(xué)家免費公開的數(shù)據(jù)，將極大地推動水稻的基因型/表型之間關(guān)聯(lián)的研究，同時對加深植物生物學(xué)的理解提供了豐富的資源。
來源：科學(xué)網(wǎng)
